تعتبر إدارة المشتريات من الإدارات الهامة بالبرنامج حيث أنه يعهد إليها تأمين جميع احتياجات البرنامج من الأدوية والمستلزمات الطبية والجراحية والعربات والأجهزة الطبية وغير الطبية ومستلزماتها واللوازم المخبرية ولوازام الأسنان والأشعة وقطع الغيار الخاصة بقسم الصيانة والأدوات المكتبية وأدوات ولوازم الصيانة.

  كما يوجد بإدارة المشتريات قسم خاص لعقود المشاريع والإنشاءات والعقود التشغيلية للصيانة والإيجار السكني والخدمات المساندة المختلفة.

وقد تم في الآونة الأخيرة القيام بتطبيق نظام المشتريات الحكومية بشكل كامل كما تم تطوير العمل بالإدارة عن طريق تشغيل برنامج حاسب آلي باللغة العربية بحيث يتماشى مع النماذج الرسمية المعمول بها وإضافة برنامج تأمين المشتريات الحكومية المعمول به بالإدارة العامة للخدمات الطبية للقوات المسلحة. وكان لهذا النظام الجديد الأثر الكبير في سرعة إنجاز العمل وتأمين جميع المتطلبات بأسرع وقت ممكن مما كان له آثر إيجابي على الخدمات المتميزة المقدمة للمرضى.